На основании Постановления заседания инновационного Совета при БИП КРО от 18 марта 1992., ходатайства Советского райисполкома, РОНО, БГУ, БГПИ, педагогического коллектива школы, родительского комитета школы Коллегией министерства народного образования республики Башкортостан было принято решение, с 1 июля 1992 года общеобразовательную среднюю школу № 20 Советского района г.Уфы ликвидировать и создать на её базе Уфимскую городскую башкирскую гимназию. 

В целях более полного удовлетворения потребностей населения в воспитании и обучении детей на башкирском языке, Постановлением мэра города Уфы республики Башкортостан № 384 от 9 марта 1995 года было создано муниципальное образовательное учреждение – Уфимский городской башкирский учебно-воспитателный комплекс (гимназия - детский сад) на базе Уфимской городской башкирской гимназии по ул. Достоевского, 99а, и дошкольного образовательного учреждения № 166 по ул. Тихорецкой, 4. Ввиду того, что комплекс не введен в действие, как гимназия - детский сад, Постановлением Главы Администрации города Уфы Республики Башкортостан № 1564 от 30 апреля 1999 года муниципальное образовательное учреждение «Уфимский городской башкирский учебно-воспитательный комплекс (гимназия – детский сад) » было переименовано в Уфимскую городскую башкирскую гимназию № 20. 

В целях увековечения памяти ученого – педагога, видного общественного и государственного деятеля, заслуженного учителя школ Российской Федерации Мустафиной Фатымы Хамидовны, проработавшей в течение многих лет министром просвещения Башкирской АССР , Кабинетом Министров Республики Башкортостан было принято Постановление № 404 от 31 декабря 1999 года «Об увековечивании памяти Мустафиной Фатымы Хамидовны», о присвоении Уфимской городской башкирской гимназии имени Мустафиной Фатымы Хамидовны. 

На основании Постановления Главы Администрации городского округа город Уфа Республики Башкортостан от 15 февраля 2006 года № 525 «О внесении изменений в учредительные документы на территории Советского района г.Уфы» муниципальное образовательное учреждение Уфимская городская башкирская гимназия № 20 имени Мустафиной Фатымы Хамидовны переименована в муниципальное общеобразовательное учреждение Уфимская городская башкирская городская гимназия № 20 имени Мустафиной Фатимы Хамидовны Советского района городского округа город Уфа Республики Башкортостан.